Le FISIQ est un organisme à but non lucratif. Sa gouvernance fédère trois groupes de parties prenantes: l’Association québécoise des organismes de coopération internationale (AQOCI), les organismes de coopération internationale (OCI) membres et des partenaires financiers, ainsi que des experts associés. Il est gouverné par un conseil d’administration dont les membres sont:
La gestion du FISIQ est assurée par Filaction dont voici les principaux collaborateurs :