El FISIQ es una organización sin fines de lucro. Su gobernanza reúne a tres grupos de sectores interesados: la Asociación quebequense de Organismos de cooperación internacional (AQOCI), los Organismos de cooperación internacional (OCI) miembros y socios financieros, así como expertos asociados. Se rige por un consejo de administración cuyos miembros son:
La gestión del FISIQ se realiza por Filaction, cuyos principales colaboradores son: